ภาควิชาสรีรวิทยาก่อตั้งขึ้นในคณะแพทยศาสตร์เมื่อปี พ.ศ. 2528 เริ่มเปิดสอนนิสิตแพทย์ชั้นปีที่สองรุ่นแรก จำนวน 40 คน ในภาคการศึกษาที่ 2 ปีการศึกษา 2529 ในขณะที่มีอาจารย์ประจำ 2 คน และรักษาการหัวหน้าภาควิชาฯ ที่มาช่วยราชการเป็นการชั่วคราว การจัดการเรียนการสอนในปีแรกนั้น ได้เชิญอาจารย์พิเศษจากมหาวิทยาลัยมหิดล และจากวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า (วพม) มาร่วมบรรยายในหลายหัวข้อ เนื่องจากมีสัญญาความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยมหิดลและมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ (มศว) อยู่ และต่อมาได้เชิญอาจารย์พิเศษจาก วพม เท่านั้น เนื่องจาก วพม ใช้ระบบการเรียนการสอนเช่นเดียวกันกับคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เมื่อมีอาจารย์ประจำจำนวนมากขึ้นและมีคุณวุฒิและประสบการณ์สูงขึ้นจึงได้ลดจำนวนอาจารย์พิเศษกลุ่มนี้ลง แต่ยังเชิญอาจารย์พิเศษจากวชิรพยาบาลเพื่อการบรรยายผสมผสานทางคลินิก ในปัจจุบันคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒมีศูนย์การแพทย์และคณาจารย์ที่จบแพทย์ที่สามารถเข้ามาร่วมในการจัดการเรียนการสอนด้วยกันได้จึงได้งดอาจารย์พิเศษในส่วนนี้ทั้งหมด แต่เพิ่มอาจารย์พิเศษในการเรียนการสอนเพิ่มสร้างเสริมประสบการณ์นอกสถานที่ ได้แก่ เวชศาสตร์ใต้น้ำ หรือการกีฬาแห่งประเทศไทย หรือกองการบิน การจัดการเรียนการสอนระดับพรีคลินิกของคณะแพทยศาสตร์เป็นแบบบูรณาการ ภาควิชาสรีรวิทยารับผิดชอบการเรียนการสอนในระบบหัวใจและหลอดเลือด (พพ 321) และระบบทางเดินหายใจ (พพ 323) ไม่เพียงแต่จำนวนอาจารย์จะเพิ่มขึ้นเพื่อทดแทนอาจารย์พิเศษเท่านั้น จำนวนนิสิตแพทย์ที่เพิ่มขึ้นจาก 40 คน เป็น 60 คน จนถึงปีละ 90 คน และ 150 คนในปัจจุบัน ก็จำเป็นที่จะต้องมีอาจารย์เพิ่มขึ้น เพื่อให้เป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐานการประกันคุณภาพการศึกษา ซึ่งยึดหลักสากลของการเรียนการสอนที่มีประสิทธิภาพสูงสุด โดยเฉพาะในการเรียนการสอนปฏิบัติการ และกลุ่ม problem-based learning (PBL) หรือ case study ที่ต้องการการดูแลจากอาจารย์อย่างใกล้ชิดทำให้อาจารย์สามารถเข้าถึงนิสิตได้อย่างทั่วถึง โดยแบ่งเฉลี่ยกลุ่มละประมาณ 6-12 คน ต่ออาจารย์คุมปฏิบัติการ 1 คน ทั้งนี้เพื่อเอื้อประโยชน์สูงสุดแก่ผู้เรียนตามเกณฑ์มาตรฐาน ทางภาควิชายังรับผิดชอบจัดการเรียนการสอนรายวิชาสรีรวิทยาให้กับนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์การแพทย์ ได้แก่ ทันตแพทย์ และพยาบาล รวมทั้งหลักสูตรมหาบัณฑิตและปรัชญาดุษฎีบัณฑิตสาขาวิชาอณูชีววิทยา และสาขาชีวภาพการแพทย์
