แม้ว่าฟันจะได้รับการรักษารากฟันมาแล้ว แต่อาจพบความล้มเหลวหลังการรักษาได้ เช่นยังคงมีอาการปวด มีตุ่มหนอง มีรอยโรคปลายรากฟันในภาพรังสีขนาดใหญ่ขึ้น เป็นต้นความล้มเหลวในฟันที่ผ่านการรักษาคลองรากฟันมาแล้วอาจเกิดได้จากหลายสาเหตุ ได้แก่ การมีเชื้อโรคที่หลงเหลืออยู่ในคลองรากฟัน (intra-radicular infection) การติดเชื้อที่อยู่นอกปลายรากฟัน(extraradicular infection) ตลอดจนสาเหตุที่ไม่ได้เกิดจากเชื้อ (non-microbial factors) ต่างๆ เช่นรอยโรคถุงน้ำที่เกิดจากการอักเสบของฟัน หากประเมินแล้วว่าเกิดความล้มเหลวจากการรักษาครั้งก่อนโดยทั่วไปแล้ว ทันตแพทย์มักจะแนะนำให้รักษารากฟันซ้ำด้วยวิธีไม่ใช้ศัลยกรรม (non-surgical root canalretreatment)โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อกำจัดเชื้อที่อยู่ภายในคลองรากฟันและสนับสนุนให้เกิดการหายของเนื้อเยื่อรอบปลายรากฟัน ซึ่งก็มีการศึกษาที่รายงานถึงความสำเร็จตั้งแต่ 77-89% แต่อย่างไรก็ตาม มีหลายกรณีที่พบว่าการรักษาคลองรากฟันซ้ำโดยไม่ใช้ศัลยกรรม ไม่สามารถทำให้เกิดการหายของโรคได้หรือมีข้อจำกัดบางประการ เช่น คุณภาพการรักษาคลองรากฟันเดิมดีอยู่แล้วการมีภาวะแทรกซ้อนระหว่างการรักษาครั้งก่อน ซึ่งไม่สามารถแก้ไขด้วยวิธีไม่ใช้ศัลยกรรมได้การมีวัสดุบูรณะขนาดใหญ่ เช่น เดือยฟันขนาดใหญ่และยาว ซึ่งหากรื้อออกอาจทำให้เกิดรากฟันแตกได้เป็นต้น ดังนั้น การเลือกรักษาคลองรากฟันซ้ำด้วยวิธีทางศัลยกรรมก็เป็นอีกทางเลือกหนึ่งในการรักษาโดยมีวัตถุประสงค์หลักเพื่อป้องกันแบคทีเรียและผลผลิตของเชื้อจากระบบคลองรากฟันไม่ให้ออกไปรบกวนเนื้อเยื่อรอบปลายรากฟันโดยการทำความสะอาดบริเวณปลายรากฟันและปิดรูเปิดที่เป็นทางออกจากคลองรากฟัน ทั้งหมด รวมถึงกำจัดวัสดุเก่าที่เกินออกนอกปลายรากหรือเนื้อเยื่อที่มีพยาธิสภาพต่างๆที่อยู่บริเวณรอบปลายรากฟันเพื่อสร้างสภาวะที่เหมาะสมต่อการเกิดการหายของโรค
