แพทย์จะเลือกเก็บไข่ที่สมบูรณ์จากรังไข่โดยใช้เข็มดูดผ่านทางช่องคลอด โดยอาศัยเครื่องอัลตราซาวนด์ ซึ่งจำเป็นต้องให้ยาสลบเพื่อป้องกันความเจ็บปวด ใช้เวลาเก็บไข่ประมาณ 30 นาที หลังการเก็บไข่ ฝ่ายหญิงจะได้รับการรักษาด้วยฮอร์โมนชนิดสอดช่องคลอดหรือฉีดอย่างต่อเนื่อง เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการย้ายตัวอ่อนเข้าโพรงมดลูก
ไข่และอสุจิจะถูกผสมกันในห้องปฏิบัติการเลี้ยงและควบคุมคุณภาพตัวอ่อน จากนั้นติดตามดูไข่ที่ได้รับการปฏิสนธิใน 2 วันต่อมา
ในวันถัดมา ไข่ที่ได้รับการปฏิสนธิจะกลายเป็นตัวอ่อน พร้อมที่จะย้ายเข้าโพรงมดลูกซึ่งมักจะทำในวันที่ 3-5 หลังวันเก็บไข่ ซึ่งขั้นตอนของการย้ายตัวอ่อนเข้าโพรงมดลูกไม่จำเป็นต้องงดน้ำและอาหารก่อนมาโรงพยาบาล ไม่จำเป็นต้องดมยาสลบ และใช้เวลาประมาณ 30 นาที
การย้ายตัวอ่อนในระยะบลาสโตซิสต์ (blastocyst transfer) เป็นเทคโนโลยีใหม่ที่นำมาใช้ในการช่วยเหลือคู่สมรสที่มีบุตรยาก โดยการเพาะเลี้ยงตัวอ่อนไว้ภายนอกร่างกายจนตัวอ่อนเจริญเติบโตถึงระยะพร้อมฝังตัว (ใช้ระยะเวลา 5 วันหลังการผสม) ที่เรียกว่าบลาสโตซิสต์ (blastocyst) แล้วจึงค่อยใส่กลับเข้าไปในโพรงมดลูก เพื่อให้ตัวอ่อนฝังตัวและเกิดการตั้งครรภ์ ด้วยวิธีนี้จะช่วยให้ตัวอ่อนพร้อมฝังตัว เพิ่มโอกาสในการตั้งครรภ์
การย้ายตัวอ่อนในระยะวันที่ 3 หลังการผสม (day 3 transfer)เป็นวิธีการเพาะเลี้ยงตัวอ่อนภายนอกร่างกายจนตัวอ่อนมีการแบ่งเซลล์เป็น 6-8 เซลล์ ซึ่งใช้เวลาประมาณ 3 วันหลังการผสม แล้วจึงใส่กลับเข้าไปในโพรงมดลูก
กระบวนการทำเด็กหลอดแก้วใช้เวลาทั้งสิ้นประมาณ 4-6 สัปดาห์จึงจะสมบูรณ์ โดยหลังการย้ายตัวอ่อนเข้าโพรงมดลูกประมาณ 2 สัปดาห์แพทย์จะนัดมาตรวจเลือดเพื่อทดสอบการตั้งครรภ์